Μεγαλωμένος στην ακαδημία νέων της Μποαβίστα, ο Φερνάντες ξεκίνησε την επαγγελματική του σταδιοδρομία το 2012, παίζοντας για ιταλικούς συλλόγους όπως η Νοβάρα, η Ουντινέζε και η Σαμπντόρια, όπου ανέπτυξε τις-τους δεξιότητές του στη μεσαία γραμμή. Η καριέρα του πήρε κομβική τροπή το 2017, όταν εντάχθηκε στην Σπόρτινγκ CP, κερδίζοντας διαδοχικά βραβεία Παίκτης της σεζόν στην Primeira Liga. Έκανε ρεκόρ για μέσους με 32 γκολ και 18 ασίστ σε μία μόνο σεζόν, οδηγώντας την ομάδα στην ανάκαμψη μετά από μια βίαιη επίθεση οπαδών στο προπονητικό γήπεδο.
Τον Ιανουάριο του 2020, ο Φερνάντες μεταγράφηκε στη Μάντσεστερ Γιουνάιτεντ έναντι 55 εκατομμυρίων ευρώ, και έγινε γρήγορα ο βασικός άξονας της ομάδας. Στην πρώτη του μισή-σεζόν, σημείωσε 8 γκολ και 7 ασίστ, σημειώνοντας το ρεκόρ της Premier League για την καλύτερη επίδοση από μια χειμερινή υπογραφή. Αναδείχθηκε παίκτης της σεζόν της Μάντσεστερ Γιουνάιτεντ για δύο συνεχόμενες χρονιές και επιλέχθηκε στην ομάδα της χρονιάς PFA. Ως αρχηγός, έχει δείξει τεράστια δέσμευση, μένοντας στον σύλλογο κατά τη διάρκεια μιας περιόδου ασυνέπειας και απορρίπτοντας μια προσφορά συμβολαίου 200 εκατομμυρίων ευρώ από συλλόγους της Σαουδικής Αραβίας για την υποστήριξη της ανασυγκρότησης της Γιουνάιτεντ. Το 2025 έφτασε το ορόσημο των 100 γκολ για τη Μάντσεστερ Γιουνάιτεντ, έγινε ο 23ος παίκτης στην ιστορία του συλλόγου που πέτυχε αυτό το κατόρθωμα και βοήθησε την Πορτογαλία να κερδίσει ξανά τον τίτλο του UEFA Nations League.
Στον αγωνιστικό χώρο, ο Fernandes συνδυάζει την ικανότητα του παιχνιδιού με το κλινικό φινίρισμα. Έχει συγκεντρώσει 98 γκολ και 86 ασίστ σε 290 εμφανίσεις με τη Μάντσεστερ Γιουνάιτεντ και κέρδισε το βραβείο UEFA Champions League Assist King με 7 ασίστ τη σεζόν 2021-22. Στις 16 Δεκεμβρίου 2025, σημείωσε ένα φάουλ και έδωσε μια ασίστ στην ισοπαλία 4-4 της Μάντσεστερ Γιουνάιτεντ με την Μπόρνμουθ, κερδίζοντας τις διακρίσεις του Man of the Match και συνεχίζοντας να ενσαρκώνει το «πνεύμα του κόκκινου διαβόλου» μέσα από τις εμφανίσεις του.
